Die edierten Dokumente sind nach folgendem einheitlichen Schema aufgebaut: Dokumententitel, Kopfzeile, Dokument, Anmerkungen. Der Dokumententitel gibt eine von den Bearbeiterinnen und Bandbearbeitern formulierte, schnelle Orientierung über Datum, Verfasser, Adressat und Kernbotschaft der jeweiligen Quelle. Die darunter stehende technische Zeile ist Teil des Dokuments und enthält nach festgelegten Richtlinien Angaben über Quellengattung, Verfasser, Entstehungsort, Bearbeitungs- und Geheimhaltungsvermerke bzw. andere Besonderheiten, Adressat und Datum. Darauf folgt der – in der Regel vollständig edierte – Quellentext. Nur in Ausnahmefällen werden Dokumente teilweise abgedruckt. In diesen Fällen werden die Auslassungen gekennzeichnet und die fehlenden Passagen in Fußnoten kurz skizziert. Alle fremdsprachigen Dokumente werden ins Deutsche – im Fall der PMJ aus der Originalsprache ins Englische – übersetzt.  Hervorhebungen der Verfasser/innen werden übernommen und einheitlich kursiv gesetzt. Während die Dokumententitel, Fußnoten und übersetzten Dokumente der heutigen Rechtschreibung folgen, gilt für die deutschsprachigen Originalquellen die zeitgenössische. Tippfehler und kleine Nachlässigkeiten sowie besondere Schreibweisen, die auf das Fehlen entsprechender Typen auf der Schreibmaschine zurückzuführen sind, werden stillschweigend korrigiert; inkonsistente Schreibweisen innerhalb eines Dokuments vereinheitlicht. Bilden jedoch bestimmte orthographische und grammatikalische Eigenheiten ein Charakteristikum der Quelle, enthält der Fußnotenapparat den Hinweis „Grammatik und Rechtschreibung wie im Original“.

Die Anmerkungen geben Hintergrundinformationen zum Dokument, den darin genannten handelnden Personen und historischen Kontexten, verweisen auf Zusammenhänge und klären offensichtliche Falschdarstellungen auf. In der englischen Edition finden sich zusätzliche Anmerkungen mit Erläuterungen für ein nicht-deutschsprachiges Publikum.

Die Einleitung gibt einen Überblick über das im Band dargestellte Geschehen und ordnet es in den historischen Gesamtzusammenhang der nationalsozialistischen Judenverfolgung ein. Dabei werden thematische Schwerpunkte gesetzt, es wird auf die regionalspezifischen Kontexte eingegangen und der aktuelle Forschungsstand zum Thema beleuchtet. In den zeitlich später erscheinenden englischsprachigen Bänden wird die Einleitung jeweils dem aktuellen Forschungsstand angepasst.

Der umfangreiche Anhang enthält zusätzliche Informationen und dient als Hilfsmittel für die Navigation innerhalb der Bände: Ein systematischer Dokumentenindex mit Schlagworten zu Schwerpunktthemen des Bandes verweist auf entsprechende Dokumente. Ein Register der Institutionen, Orte und Personen, ermöglicht eine gezielte Suche innerhalb der Bände. Ein Glossar erklärt in den Dokumenten häufig auftauchende spezielle Termini. Des Weiteren gehört zum Anhang ein Abkürzungsverzeichnis und ein Verzeichnis der im Dokumententeil genannten Archive. Bände, die das Geschehen in mehreren Ländern dokumentieren, enthalten außerdem eine Chronologie. Die englischsprachigen Bände enthalten ein erweitertes Glossar sowie ein Literaturverzeichnis und eine Übersicht mit Polizei- und Partei-Dienstgraden.

Die Landkarten bieten zusätzliche Orientierung und erleichtern das Auffinden der im Band erwähnten Orte, wie Gettos, Lager und andere Schauplätze der Verfolgung.