Die 16 Bände der Edition sind geographisch und chronologisch gegliedert. Die ersten drei Bände (VEJ 1 bis 3) sowie VEJ 6 und 11 widmen sich der Judenverfolgung in Deutschland sowie dem annektierten Österreich und dem Protektorat Böhmen und Mähren. Die weiteren elf Bände richten den Blick auf die von der deutschen Wehrmacht besetzten oder unter deutscher Vorherrschaft stehenden und kollaborierenden Teile Europas: Nord- und Westeuropa (VEJ 5 und 12), Slowakei, Rumänien und Bulgarien (VEJ 13) sowie Südosteuropa und Italien (VEJ 14). Der Schwerpunkt liegt auf den Regionen, in denen die meisten Juden lebten: insbesondere auf Polen (VEJ 4, 9 und 10), auf dem besetzten Teil der Sowjetunion (VEJ 7 und 8) und auf Ungarn (VEJ 15). Dem KZ Auschwitz und den Todesmärschen während der letzten Kriegsphase widmet sich ein eigener Band (VEJ 16). Innerhalb eines jeden Bandes sind die Dokumente in der Regel chronologisch angeordnet. Dadurch und durch den Verzicht auf thematische Bündelung sollen interpretierende und dramatisierende Abfolgen vermieden werden.