Die Wurzeln des Instituts für Zeitgeschichte reichen bis in die Besatzungszeit nach dem Zweiten Weltkrieg zurück. Schon 1947 gab es in der amerikanischen Zone Bestrebungen, ein „Institut zur Erforschung der nationalsozialistischen Politik“ zu gründen. Unter dem Namen „Deutsches Institut für Geschichte der nationalsozialistischen Zeit" begann das Institut 1949 mit seiner Arbeit. Sie wurde seit 1950 durch finanzielle Zuweisungen des Bundes und des Freistaates Bayern getragen. 1952 erhielt das Institut seine bis heute gültige Bezeichnung „Institut für Zeitgeschichte“.

1989 erhielt das IfZ den Auftrag, die „Akten zur Auswärtigen Politik der Bundesrepublik Deutschland" herauszugeben. Für die Durchführung der Editionsarbeiten richtete das Institut eine Abteilung im Auswärtigen Amt in Bonn ein. Im Juni 1990 begann eine zunächst aus sechs Historikerinnen und Historikern bestehende Editionsgruppe mit der Dokumentation der Außenpolitik der Bundesrepublik Deutschland auf der Grundlage des Schriftgutes im Politischen Archiv des Auswärtigen Amts. Im Sommer 2000 zog die Editionsgruppe mit dem Politischen Archiv des Auswärtigen Amts nach Berlin um. Seither werden von der Abteilung AAPD des IfZ Aktenstücke in Abstimmung mit dem Herausgebergremium ausgewählt, kommentiert und unmittelbar nach Ablauf der 30-Jahres-Sperrfrist jeweils in Jahresbänden der Öffentlichkeit präsentiert.

Nach dem Zusammenbruch der DDR entstand im Institut der Plan, im Raum Potsdam/Berlin eine eigene wissenschaftliche Abteilung aufzubauen, um die Erforschung der Geschichte der DDR und der Sowjetischen Besatzungszone (SBZ) weiter zu vertiefen. Die Abteilung nahm zu Beginn des Jahres 1994 in Potsdam in unmittelbarer Nähe des Bundesarchivs ihre Arbeit auf und zog nach der Auflösung des Archivstandorts Potsdam im Juni 1996 nach Berlin um.

Im Auftrag des Freitstaats Bayern begann das IfZ 1999 mit dem Aufbau der Dokumentation Obersalzberg, konzipierte dort die Dauerausstellung und entwickelte ein umfangreiches Bildungsangebot. Die Dokumentation am historischen Ort verbindet die Geschichte von Hitlers zweitem Regierungssitz mit einer umfassenden Darstellung des Nationalsozialismus und hat sich seither zu einem Besuchermagneten entwickelt. Im Sommer 2013 ebnete die Staatsregierung deshalb den Weg für einen Erweiterungsbau und eine Neukonzeption der Dauerstellung. Sie wurde 2023 unter dem Titel “Idyll und Verbrechen” feierlich eröffnet.

Im Jahr 2013 wurde das Zentrum für Holocaust-Studien gegründet: Es hat seinen Sitz am Hauptstandort München, um die deutsche und internationale Forschung über den Holocaust institutionell zu stärken. Es führt eigene Forschungs- und Editionsprojekte durch und schafft mit Gastwissenschaftlerprogrammen und Konferenzen einen Kommunikationsraum für Historikerinnen und Historiker aus aller Welt. Jüngster Schwerpunkt des IfZ ist die internationale und transnationale Geschichte. Dafür steht insbesondere das Berliner Kolleg Kalter Krieg, das sich seit 2015 in der Bundeshauptstadt der Zeitgeschichte des Ost-West-Konflikts widmet.