Nur wenige Monate nach dem Überfall auf Polen erreicht der Krieg München. Die Stimmung der Bevölkerung ist gedrückt: „Carnevalsdienstag, aber nichts davon zu bemerken“, verrät der Tagebucheintrag vom 6. Februar 1940. Verdunkelung wird angeordnet. Der erste Bombenangriff auf München am 4. Juni 1940 verursacht nur geringe Schäden, doch die „Trichter in der Stadt haben gewaltigen Eindruck gemacht“, wie der Erzbischof wenig später notiert.
Unbeirrt setzt der NS-Staat seinen Kampf gegen die katholische Kirche fort. Die Gestapo nimmt unbotmäßige Priester in Haft oder interniert sie in Konzentrationslagern. Die Nationalsozialisten beschlagnahmen Klöster und andere Ordenseinrichtungen und wandeln sie in Unterkünfte für sogenannte volksdeutsche Umsiedler oder Lazarette um. Der Religionsunterricht in den Berufsschulen wird verboten, Kreuze erneut abgehängt, der Fronleichnamstag 1940 reichsgesetzlich von Donnerstag auf Sonntag verlegt und Allerheiligen ein Jahr später als Feiertag abgeschafft. Gegen diese Maßnahmen wehren sich die deutschen Bischöfe in Eingaben an die Reichsstellen und wenden sich in Hirtenworten an ihre Gemeinden. Auf öffentliche Kritik reagieren die Machthaber dünnhäutig. Generalvikar Buchwieser wird Anfang Februar 1940 von der Polizei bedeutet: „Drei Hirtenbriefe nacheinander … unerträglich. Wenn wieder einmal, dann mit schärfsten Mitteln ohne Ansehen der Person. Ist Befehl von Berlin aus. Es muß alles auf den Krieg eingestellt werden.“ Über den Kriegsverlauf im Osten und Westen ist Faulhaber durch zurückkehrende Feldgeistliche, Soldaten auf Fronturlaub und vornehmlich Besucherinnen, deren Verwandte im Feld stehen, orientiert.